Отже, Мюнцер починав свій реформаційний шлях як один з Лютерових соратників. У 1520 році він, як священик, був рекомендований самим Лютером у прихід в місто Цвіккау (Саксонія). Йому, рвучкому та гарячому, були набагато ближчі погляди Андреаса фон Боденштейна (Карлштадта), викладача Вітенберзького університету та підтримувача протесту проти офіційної церкви, «одного з тих людей, нерідких серед німців, які від народження схильні похмуро відкидати всі установи і захищати те, що не приймають усі інші, не маючи при цьому чітких поглядів та здорових переконань» [7, с. 241]. Так само йому виявились близькими за духом «цвіккауські пророки» Ніколаус Шторх, Томас Дрехзель і Маркус Штюбнер, що вже тоді проповідували у місті, підбурюючи народ до активних дій. Мюнцер сам надихався працями містиків Іоганна Таулера (1300-1361) та Генріха Сузо (1297-1366), що захищали можливість особистого спілкування людини з Богом, і просто зробив наступний логічний крок: значить, кожен простолюдин має права особистого священства. А чому тоді простолюдини пригноблені і владою церкви, і владою князів?
Ідея рівності прав всіх людей, до якої європейське суспільство доросте набагато пізніше, вилилася в свідомості Мюнцера в прагнення змінити існуючий лад за допомогою революції. Він був присутній на вже згадуваному нами Лейпцизькому диспуті 1519 року, палко погоджувався із сумнівами Лютера у непогрішності папства і чув, як Іоганн Екк звинуватив реформатора у дотриманні єретичних поглядів Вікліфа та Гуса [2, с. 285]. Мюнцер в той момент міг згадати гуситські війни, що палахкотіли в Богемії століття тому (1419-1434), як натхненний приклад збройного спротиву владі офіційної церкви. А місто Цвіккау було близьке до кордону з Богемією, тому тут подібні асоціації могли впасти на благодатний грунт. Саме від часу служіння у Цвіккау містика і революція стали визначальними векторами світогляду Томаса Мюнцера.
Не дивно, що у квітні 1521 року Мюнцер був вигнаний із Цвіккау за радикалізм проповідей. Далі його шлях проліг у Прагу, де жителі міста зустріли його з великим натхненням, як послідовника та соратника Лютера. Саме тут у нього з’являється один з програмних документів, «Празький маніфест». Цей твір є письмовим свідченням сформованої Мюнцером особистої світоглядної позиції. Мюнцер різко критикує офіційну церкву за те, що вона зробила Біблію незрозумілою для народу, посилаючись на Іс. 29, і наполягає на «прийнятті свідоцтва, яке Дух Святий посилає до ваших сердець» [11, с. 4]. Він відходить від принципу «Sola Scriptura» і використовує зворот «Слово Боже» на позначення безпосереднього натхнення згори. Це дало основу для розвитку його поглядів: релігійна екзальтація або навіть особисті переконання тепер отримали в його уяві Божественну санкцію. І хоча в «Маніфесті» ще немає яскраво виражених спонукань до перебудови суспільства, але в Празі Мюнцер не витрачає дарма часу, вивчаючи бойовий досвід таборитів. Він знав, що це знадобиться йому на батьківщині для організації руху опору. Натхненний тими уривками Святого Письма, де говориться про милість Господа до знедолених (книги Ісаї та Єремії), він розумів це як заклик до звільнення від феодальної залежності нижчих верств суспільства. На відміну від Лютера, що звертався до князів, Мюнцер робив ставку саме на селянство, яке мало вибухом обурення зруйнувати існуючі суспільні інститути і побудувати новий порядок. Більше того, він напевне здогадувався, яку силу може мати цей вибух. Ще з кінця XV століття біднота організовувалася в таємні «Спілки Черевика», що готували себе в якості бойових загонів. Ще свіжими були в пам’яті німців суспільні виступи селянства 1476, 1493, 1503, 1513 років. Щоразу владі вдавалося змусити вщухнути революційні настрої шляхом жорстоких репресій. Але Мюнцер сподівався своїми проповідями налаштувати народ до більш рішучих дій.
З Праги його змусили виїхати вже у грудні того ж 1521 року. Але з новим натхненням він приступає до проповідницької діяльності у саксонському місті Альштедті. Полум’яні виступи Мюнцера надихають людей на суспільні заворушення, і у березні 1524 року розлючений натовп руйнує каплицю у Малербасі, влаштовуючи погром культового майна. Лютер, слідкуючи за діяльністю свого колишнього колеги, тільки жахався. Власне, його безпечне перебування у Вартбурзькому замку під захистом саксонських курфюрстів і було перерване широким розповсюдженням революційних ідей в самому Віттенберзі. У ситуації політичної нестабільності Лютер стає мало не єдиним, хто передбачає всю небезпеку перетворення духовної Реформації на громадську революцію. Тому він починає спонукати представників влади до активних дій. У своєму «Листі до князів Саксонії відносно повстанського духу» (датований червнем 1524 року) реформатор пише: «Бог буде вимагати відповіді від вас, чому ви знехтували можливістю привести в дію меч, який для того і був довірений вам» [10, с. 4]. Альштедт вже стає вогнищем революції, «спілка вибраних» на чолі з Мюнцером розростається у арифметичній прогресії. Під час інспекції князями цього міста в липні 1524 року Мюнцер не соромиться у знаменитому тлумаченні на Дан. 2 прямо з кафедри проголосити ряд провокаційних тез. Звинувачення були спрямовані проти священиків офіційної церкви, що освячують і благословляють існуючий порядок. У камені, що зруйнував боввана (див. Дан. 2), проповідник вбачав зміну суспільного ладу, що вже, на його думку, повним ходом здійснюється силами народу. Тому він ультимативно закликав князів приєднатися до цього процесу: «Що ви повинні робити з мечем? А ось що: вигнати тих злих людей, що нехтують Євангелієм [маються на увазі церковники], скинути їх, якщо хочете бути добрими Божими слугами, а не дияволами» [12, с. 13]. Але це вже було занадто. Хоча проповідь дозволили надрукувати, Томас Мюнцер став persona non grata у володіннях саксонських князів.
Революціонер знаходить пристановище у імперському місті Мюльгаузені, де переходить до конкретних кроків втілення своєї програми перебудови суспільства у життя. У вересні 1524 року було опубліковано 11 пунктів, що поставили магістрат міста перед конкретними вимогами: підкорити судочинство вимогам Божих заповідей та «святому Божому Слову» (що було у Мюнцера, як ми пам’ятаємо, еквівалентом «натхнення згори»), суворо карати суспільні вади та безчинства, покращити умови життя тих, хто живе за межею бідності. Лише ціною неймовірних зусиль магістратові вдалося протистояти такому впливовому лідерові, як Мюнцер. Але полум’я війни вже було запалене — в Німеччині вибухнула революція, яка, за свідченнями дослідників, стала наймасштабнішою в історії Європи аж до часів Великої Французької 1789 року. Селяни організовувались в бойові загони, громили та грабували монастирі та фортеці феодалів. Томас Мюнцер із найближчими соратниками координували цей процес, намагаючись злити ці локальні вибухи народного невдоволення у єдину нестримну течію. Мюнцер їздив із проповідями по Центральній та Південній Німеччині, надихаючи повсталих. «Справу подолання зла і злих Мюнцер мав за мету, на яку й повинна бути спрямована діяльність «вибраних». Це є боротьба добрих проти злих, тобто боротьба соціальних низів проти верхів. Активна віра для нього — це революційний процес по досягненню моральної досконалості як реалізація волі Бога по створенню Царства Божого. При цьому Мюнцер відмовляв у праві брати участь у цих перетвореннях соціальним верхам» [3, с. 255]. Якщо ще у «Проповіді перед князями» він закликав можновладців приєднатись, то після збройного виступу мас про це не могло бути і мови.
Цим духом просякнутий «Статейний лист», який став політичною програмою об’єднання повсталих. Більшість дослідників згодна з тим, що цей документ був складений у близьких до Мюнцера колах наприкінці 1524 — на початку 1525 років і, якщо навіть не був написаний ним самим, то відображав його погляди. «Статейний лист» за духом був ультиматумом конкретним опорним пунктам феодалів, монастирям та містам, до яких наближалися бойові загони. В ньому виражалося бажання здійснити соціальний переворот «по можливості без кровопролиття» (хоча всі прекрасно розуміли, що без цього не обійдеться) і повторювався заклик до можновладців «приєднатись до християнського братерства» (а ця ідея, скоріше за все, була запозичена у гуситів, отримавши своєрідне класове забарвлення). Тим, хто відмовиться це зробити, загрожувало, за текстом документа, «світське відлучення». Це означало неможливість бути членом нового суспільства — з «відлученими» не варто «ні їсти, ні пити, ні купатися, ні молоти, ні рибалити, ні орати, ні боронити, також не привозити для них і не доставляти їм ні їжі, ні напоїв, ні дров, ні м’яса, ні будь-чого іншого» [13]. Незважаючи на масштабне загальне бачення, ця програма виявилась все ж занадто неконкретною. Але в розпалі війни було не до продумування деталей. Мюнцер був натхненний руйнацією старого ладу більше, ніж плануванням майбутнього. Мабуть, він черговий раз вирішив довірити це питання «керівництву Духа».
Після декількох поразок князі засвоїли гіркі уроки політики умиротворення і перейшли до наступальних дій. Саме тоді, коли військова кампанія була у самому розпалі, Лютер написав черговий памфлет «Проти вбивчих і грабіжницьких зграй селян» (квітень 1525 року), який став вираженням його громадянської позиції. Світська могутність, стверджував він, не може існувати без нерівності, кожен повинен виконувати свій обов‘язок: дворяни повинні слідкувати за порядком, а селяни підкорятись владі на основі Євангелія. Лютер залишився вірним ідеологічній лінії, зазначеній ще у «Зверненні до християнського дворянства» 1520 року: реформаційні зміни повинні початися з верхів. При цьому можна зрозуміти дану ним теологічну санкцію на жорстоку розправу з повстанцями: «Нині настав такий дивний час, що князь скоріше може заслужити благовоління небес кровопролиттям, ніж інші люди молитвою» [9]. У полемічному розпалі Лютер вдався навіть до такого суперечливого твердження, що загиблі у боротьбі з повсталими солдати — мученики в очах Божих.
Спроба Томаса Мюнцера реалізувати свою програму перебудови суспільства завершилася трагічно. Повстанці Центральної Німеччини, керовані Мюнцером, почали стягувати свої сили під містечко Франкенгаузен — по різних оцінках, їх зібралося від 6000 до 8000 осіб. Вони очікували підмоги з півдня, але виявилися обложеними військами князів. Релігійної екзальтації без уміння воювати виявилось недостатньо. «Близько п’яти тисяч селян було знищено, лише 600 узято в полон. Поранений Мюнцер був переданий Ернсту Мансфельдському [головнокомандуючий князівської армії] і підданий тортурам. Мюльгаузен на принизливих умовах здався на милість переможців. 54 людини, в тому числі і Мюнцера, було страчено. Цієї перемоги князів було достатньо, щоб по усій Тюрінгії і у сусідніх землях загони повстанців стали невпинно танути. Якщо полум’я повстання не поширилось далі на Північ і Схід, то більшою мірою через розгром під Франкенгаузеном» [4, с. 362].
Німеччина була виснажена цією війною. Економіка опинилась у глибокій кризі. Не вистачало людей вести сільське господарство — сучасні дослідники підраховують, що із приблизно 200 тисяч селян, що брали участь у заворушеннях, у живих залишилося менше половини. Потрібно було відбудовувати країну. Виступи радикалів завдали болючого удару авторитету Реформації. Написаний різким суворим тоном, повний полемічних випадів трактат Лютера «Проти вбивчих і грабіжницьких зграй селян» затримався в друкові і вийшов якраз під час жахливої різанини, що супроводжувала придушення народних хвилювань. Лютер написав інший трактат, у більш поміркованому дусі, але вже було пізно. «Цей твір уже залишився непоміченим, — з сумом констатує дослідник Роланд Бейнтон, — а знамениті слова Лютера «коліть, рубайте й душіть» заплямували його репутацію. Селяни звинувачували Лютера у зраді їхньої справи, а князі-католики в той же час зробили його відповідальним за всі заворушення» [1, с. 275].